海军舰队指挥部（驻台湾高雄市左营区—— “？？部队”）
指挥官： 一位，中将。
副指挥官： 一位，少将。
参谋长： 一位，少将。
副参谋长： 三位（作战、后勤、航空），上校。
政战主任： 一位，少将。
政战副主任： 一位，上校。
士官督导长： 一位，一等士官长。
本部单位
人事综合处，主管：上校处长。
情报处，主管：上校处长。
作战处，主管：上校处长。
战系处，主管：上校处长。
后勤处，主管：上校处长。
主计处，主管：上校处长。
督察室，主管：上校主任。
舰队作战中心（舰战），主管：上校主任。
数据链路训测暨修管中心，主管：上校主任。
保防安全组，主管：上校组长。
政战综合组，主管：上校组长。
文宣心战组，主管：上校组长。
公共事务组，主管：上校组长。
法律事务组，主管：上校组长。
勤务中队，主管：士官长中队长。
舰队
海军第一二四舰队，舰队长：少将，副舰队长：上校。
海军第一三一舰队（含2014年“精粹案”并入之原海军海蛟大队所辖光华六号导弹快艇、2015年成军之沱江级巡逻舰），舰队长：少将，副舰队长：上校。
海军第一四六舰队，舰队长：少将，副舰队长：上校。
海军第一五一舰队，舰队长：少将，副舰队长：上校。
海军第一六八舰队（含2014年“精粹案”并入之原海军二六一战队所辖基隆级驱逐舰），舰队长：少将，副舰队长：上校。
海军第一九二舰队，舰队长：少将，副舰队长：上校。
战队
海军二五六战队，战队长：少将，副战队长：上校。
指挥部
海军海洋监侦指挥部，指挥官：少将。
海军金门基地指挥部，指挥官：中校。
海军马祖基地指挥部，指挥官：中校。
海军东引基地指挥部，指挥官：少校。
大队
海军反潜航空大队，大队长：上校。
海军海锋第一大队，大队长：上校。
海军海锋第二大队，大队长：上校。
海军海上战术侦搜大队，大队长：上校。
海军乌坵连络组
